Software

Software para el control de calidad y análisis de datos de los registros de cáncer de población

Software creado por la International Agency for Research on Cancer (IARC) en colaboración con la International Association of Cancer Registries (IACR), disponible gratuitamente para todos los miembros de la IACR:

CanReg5

CanReg5 es una herramienta de código abierto diseñada para introducir, almacenar, verificar y analizar los datos de los registros de cáncer. Tiene módulos para realizar la introducción de datos, el control de calidad, las comprobaciones de consistencia de los datos y el análisis básico de los datos. Las principales mejoras en relación con la versión previa son el "motor" de la base de datos nueva, la mejora de las capacidades multi-usuario y que el desarrollo se gestiona como un proyecto de código abierto. También se incluye una herramienta para facilitar la creación o la modificación de una base de datos, añadir nuevas variables etc.

Disponible en la web, en ingles, francés, ruso y portugués:http://www.iacr.com.fr/canreg5.htm

 

 

IARCcrgTools

IARCcrgTools es un paquete basado en Windows que permite al personal de los registros de cáncer convertir y explorar sus datos. La última actualización es de Julio de 2008.

El programa IARCcrgTools permite:

  • Realizar conversiones de los códigos, tanto topográficos como morfológicos, entre las distintas ediciones de las Clasificaciones Internacionales de Enfermedades (CIE), las distintas ediciones de las Clasificaciones Interacciónales de Enfermedades para Oncología (CIE-O) o entre dichas clasificaciones (CIE y CIE-O).
  • Comprobar, mediante una nueva versión del IARC-Check Program, la validez de las variables y la coherencia entre ellas (edad/fecha nacimiento/fecha de incidencia o sexo/localización o edad/localización/histología,…).
  • Identificar, mediante el módulo IARC/IACR multiple primary check, los tumores múltiples primarios siguiendo las normas de la IARC y excluir aquellos que se consideran registros duplicados.

Disponible en la web: IARCcrgTools y en bibliografía:

  • Check and conversion programs for cancer registries (IARC/IACR Tools for Cancer Registries)J.Ferlay, C. Burkhard, S.Whelon, D.M. Parkin IARC Technical Report No. 42 Lyon, 2005

 

Software estadístico

Software estadístico

El software de análisis estadístico R Project

Es un lenguaje de programación y un software libre que proporciona una amplia variedad computacional de técnicas estadísticas y gráficas.

R, como S, está diseñado entorno a un lenguaje de programación real que permite a los usuarios añadir funcionalidad adicional mediante la definición de nuevas funciones, disponibles en rutinas, llamadas paquetes, que contiene el mismo software o que están en la web. 

A su vez, también permite vincular rutinas diseñadas en otros lenguajes como C, C++, Fortran, Java,… y llamarlas en tiempo de ejecución.

Al ser R un software libre y de código abierto, una de las aportaciones realizadas es una Interfaz Gráfica de Usuario (GUI en inglés), el R-commander, creada por John Fox, que permite acceder a muchas capacidades del entorno estadístico R, sin que el usuario tenga que conocer el lenguaje de comandos propio de este entorno, constituyendo así su parte más comercial.

Una actividad formativa desarrollada por el Registro de Cáncer de Granada, es un tutorial web que permite, una vez realizado el registro para esta actividad, tener acceso a materiales que nos describen como: descargar e instalar el programa, manipular ficheros de datos, hacer representaciones gráficas y realizar análisis estadísticos de mayor o menor complejidad.

Acceder al tutorial de R

 

Joinpoint Regression Program

Joinpoint Regression Program - software estadístico para el análisis de las tendencias temporales utilizando modelos joinpoint (de punto de cambio), es decir, modelos que ajustan los datos a una tendencia, seleccionando el modelo más simple que los datos permiten, donde varios modelos lineales se conectan entre sí en los puntos de intersección o joinpoint, formando splines lineales (como muestra la figura).

Joinpoint es un software estadístico especialmente útil para determinar si las tendencias recientes en las tasas de cáncer han cambiado, y comprobar si un punto de cambio en la tendencia (o joinpoint) es estadísticamente significativo.

Última versión: Version 4.1.1.1 (Octubre 7, 2014).

 

 

CanSurv-Cancer Survival Analysis Software

CanSurv es un software estadístico para analizar datos de supervivencia basados en estudios de base poblacional, que puede ajustar distintos modelos de supervivencia, como por ejemplo, los modelos paramétricos o el modelo de riesgos proporcionales de Cox. Además, los factores pronósticos y las variables demográficas que se relacionan con la supervivencia del paciente con cáncer, pueden utilizarse como covariables en el modelo. Los parámetros y errores estándar asociados se estiman por el método de Newton-Raphson.

Hay muchos softwares estadísticos que realizan análisis de supervivencia como SAS, S-plus, Stata… Sin embargo, ni SAS ni S-plus se pueden utilizar para ajustar los modelos de supervivencia a los datos de la supervivencia relativa; CanSurv se ha desarrollado específicamente para el análisis de los datos de supervivencia relativa.

Última actualización: CanSurv version 1.3, 24 de febrero de 2014. http://surveillance.cancer.gov/cansurv/

Ver también: http://surveillance.cancer.gov/cansurv/

 

WAERS (Web-Assisted Estimation of the Relative survival). Cálculo automatizado de la Supervivencia Relativa

Desarrollada por el Instituto Catalán de Oncología (ICO), es una aplicación web que permite a los registros de cáncer de base poblacional y hospitalaria, y a los registros de enfermedades (en general), estimar la supervivencia relativa de una cohorte de pacientes, seleccionando a la población de referencia que consideren (provincia, comunidad autónoma o país.

http://pdo.iconcologia.net/stats/waers/waers_idx.html

MIAMOD AND PIAMOD Software

MIAMOD y PIAMOD son los métodos estadísticos, desarrollados por investigadores del Instituto Superior de Sanidad de Roma (Istituto Superiore di Sanitá, Roma, Italia) para estimar y proyectar la mortalidad, incidencia y prevalencia de cáncer, tanto a nivel regional como nacional.

El método MIAMOD (Mortality and Incidence Analysis MODel) realiza estimaciones y proyecciones de la incidencia de cáncer, mediante modelos de edad-periodo-cohorte polinómicos, utilizando los datos de supervivencia y mortalidad proporcionados por el usuario.

El método PIAMOD (Prevalence and Incidence Analysis MODel) es una alternativa a MIAMOD para estimar y proyectar la prevalencia, cuando se disponen de datos de incidencia.

Ambos métodos están disponibles en un software especial desarrollado ad hoc en colaboración con elSurveillance Research Program of the Division of Cancer and Population Sciences (National Cancer Institute, Bethesda USA). El software se distribuye de forma gratuita y proporciona una interfaz fácil de usar, para ejecutar tanto MIAMOD como PIAMOD con sistemas operativos Windows.

Ver también: http://www.eurocare.it/MiamodPiamod/tabid/60/Default.aspx

 

Epidat

Epidat (Análisis de Datos Epidemiológicos) es un programa de libre distribución para el manejo de datos tabulados, como respuesta a la necesidad de tener una calculadora para consultas estadísticas y epidemiológicas básicas. Fue desarrollado por la Dirección Xeral de Innovación e Xestión da Saúde Pública de la Consellería de Sanidade (Xunta de Galicia) con el apoyo institucional de la Organización Panamericana de la Salud (OPS-OMS) debido a la escasez y poca accesibilidad de programas de este tipo.

En esta nueva versión 4.0 destaca como novedad que está programado en Java, lo que permite que funcione en distintos sistemas operativos, como Windows, Linux o Macintosh. La segunda novedad es que se presenta en módulos, lo que facilitará las actualizaciones y configuración del programa de forma independiente a partir de un entorno general. De momento, Epidat 4.0 incluye 8 módulos de un total de 19 que conformarán el programa; los restantes se irán incluyendo de manera progresiva hasta completar su contenido.

El proyecto se inició en 1991. El desarrollo del Epidat fue el fruto de un convenio entre la Organización Panamericana de la Salud (OPS) y la Consellería de Sanidade de la Xunta de Galicia con el objetivo de colaborar en tareas de investigación en el área de la salud. En diciembre de 1994 salió la versión 1.0, que era una calculadora básica en entorno DOS.

Como Epidat es un programa de libre distribución, no sólo se permite sino que se agradece su difusión y cualquier tipo de crítica o comentario que ayude a mejorar futuras versiones.

Epidat 4.0 se puede descargar desde la página Web de la Dirección Xeral de Innovación e Xestión da Saúde Pública, donde también puede encontrar información sobre el contenido y las novedades del programa:

Ver también: http://www.sergas.es/MostrarContidos_N3_T01.aspx?IdPaxina=62714

 

PRESENTACIÓN DE SART (Statistical Analysis of Rates and Trends): WEB DE CÁLCULO AUTOMATIZADO DE INDICADORES POBLACIONALES

El Plan Director de Oncología de Cataluña ha desarrollado una herramienta vía web (SART:http://regstattools.net/) que automatiza los cálculos para la obtención de distintos indicadores poblacionales importantes para el control de enfermedades o eventos de la salud. Dicha aplicación sigue la filosofía de otras aplicaciones desarrolladas por este equipo tales como WAERS (aplicación para el cálculo automatizado de la supervivencia relativa) o RiskDiff (aplicación para el cálculo de la contribución de los factores demográficos y de riesgo de enfermedad a la variación en el número de casos de una enfermedad entre dos periodos de tiempo).

La aplicación SART permite que el usuario pueda llevar a cabo análisis estadísticos de un conjunto de datos en formato de número de casos y población a riesgo para un determinado periodo de tiempo. El usuario introducirá la base de datos en dicha aplicación y dichos datos serán procesados en un servidor que devolverá resultados asociados al análisis estadístico requerido: a) descriptiva, b) estimación del porcentaje de cambio anual de las tasas, c) predicción temporal del número de casos y d) razones de incidencia o mortalidad estandarizadas.

La referencia bibliográfica de dicha aplicación es

Esteban L, Clèries R, Langohr K, Gálvez J, Pareja L, Escribà JM, Ribes J. [Statistical Analysis of Rates and Trends (SART): a web-based tool for statistical calculation of population indicators.] . Gac Sanit. 2011 Jun 27.

 

 

 

 

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